El EIT se creó en 2008 como organismo autónomo de la UE, en la actualidad su director es el español José Manuel Leceta. El órgano de gobierno es el responsable de toda la estrategia y de la selección, coordinación y evaluación de las Comunidades de Conocimiento e Innovación (CCI) creadas en el seno del EIT. Las CCI reúnen a excelentes instituciones de enseñanza superior, centros de investigación y empresas que investigan de manera innovadora en los grandes temas actuales, cambio climático, energías sostenibles o las TIC.

El EIT tiene un presupuesto de unos 3.000 millones de euros para el próximo marco financiero en el que se crearán otras seis CCI. El EIT tiene su sede central en Budapest, mientras que las CCI están en diferentes países.

El consejo directivo consta de 22 profesionales, entre ellos los doce que acaban de ser nombrados por cuatro años. María Garaña, uno de ellos, es presidenta de Microsoft España desde julio de 2008, antes fue directora regional del Cono Sur y responsable de negocios de Microsoft para Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay.

Además hay seis miembros del órgano de gobierno inicial y otros cuatro adicionales elegidos entre el personal administrativo, los estudiantes y los doctorados del EIT y las CCI.

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